As correntes de íons do coração e do cérebro produzem campos magnéticos fora do corpo, que podem ser medidas por conjuntos de detectores SQUID, colocados próximos ao coração ou cérebro. A técnica de imageamento de fonte magnética (MSI) é o termo geral para a reconstrução das fontes de corrente através das medidas dos campos magnéticos externos, do cérebro (magnetoencefalografia-MEG) e do coração (magnetocardiografia-MCG) Esta técnica tem resolução temporal de milisegundos, enquanto as técnicas de MRI, PET e SPECT têm resolução de segundos a muitos minutos. A desvantagem da técnica de mapeamento de fontes magnéticas é que a distribuição de campo na superfície pode ser explicada por um número infinito de possíveis distribuições de correntes no coração ou cérebro, isto é, a reconstrução não é unívoca. Atualmente se usam, por exemplo, filmes finos de Nb, supercondutores, como sensores magnéticos. Geralmente, para detectar estes campos fracos, o local onde o aparelho está instalado precisa ser isolado magneticamente de campos ambientais.
